В соответствии с Уставом ГКОУ "Волгоградская школа дифференцированного обучения» имеет в своей структуре:

• учебные мастерские;
• спортивный зал;
• спортивные площадки;
• библиотеку;
• медицинский пункт;
• буфеты с раздачей;
• службу психологического и социально-педагогического сопровождения, обеспечивающую социальную адаптацию, реабилитацию и абилитацию нуждающихся в ней обучающихся, воспитанников;
• ресурсный центр инклюзивного образования детей с нарушением речи; ресурсный центр по предпрофессиональной подготовке детей с ограниченными возможностями здоровья

ГКОУ "Волгоградская школа дифференцированного обучения" структурных подразделений не имеет.

Коллегиальные органы управления школой-интернатом:

Совет Образовательной организации, Общее собрание работников Образовательной организации, Педагогический совет Образовательной организации, Попечительский совет Образовательной организации. 

Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления образовательной организацией, порядок  принятия ими решений и выступления от имени образовательной организации устанавливается Уставом ГКОУ "Волгоградская школа дифференцированного обучения" в  соответствии с законодательством Российской Федерации.

Директор — единоличный исполнительный орган образовательной организации, осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.